Terminato il periodo delle invasioni barbariche, nella prima metà del 1100, EUGUBIUM ridiventava nuovamente una "città stato" e veniva ricostruita sul luogo attuale, per opera specialmente del suo vescovo
Ubaldo Baldassini,
mentre precedentemente era situata più in basso, intorno al teatro romano.
In quegli anni appaiono le prime cariche comunali come i consoli, il capitano del popolo e il podestà.
Divenne infatti, presto, libero comune, prima guelfo, poi ghibellino e quindi favorito come tale dagli imperatori a cominciare da Federico Barbarossa, che le concesse numerosi e importanti privilegi. In seguito divenne definitivamente guelfa.
In questo tempo sostenne dure lotte con le città vicine.
Nel 1151 ben
11 città
si allearono contro di Lei, ma Gubbio sbaragliò tutti i suoi avversari con una vittoria tale, che parve miracolosa per l'intervento del vescovo S. Ubaldo.
Nella seconda metà del 1100, la città fu ampliata verso il monte e là sorgeranno gli edifici pubblici, simboli delle istituzioni cittadine, come la
Cattedrale
e il
Palazzo del Comune
(collocato sul luogo ove più tardi sorgerà il Palazzo Ducale).
Ma le lotte non cessarono: specialmente lunghe e dure furono quelle con Perugia. Tuttavia Gubbio raggiunse in quel tempo una grande floridezza e potenza (circa 50.000 abitanti) infatti nella seconda metà del 1200 sorsero palazzi come quello del
Capitano del Popolo
e le chiese di
S.Francesco,
S.Domenico,
S.Agostino,
S.Giovanni,
la quale rappresentava il centro di un impianto urbanistico a croce che, di fatto, divideva la città in quattro quartieri: S. Andrea, S. Pietro, S. Giuliano e S. Martino.
Dello stesso periodo sono l'ampliamento delle Mura della città (verso la pianura) e la costruzione dell'
Acquedotto
(del
Bottaccione).
All'inizio del 1300, oltre alla
nuova Cattedrale
(edificata sul luogo della precedente, risultata piccola e insufficiente), alla
Chiesa di S. Maria dei Laici (dei Bianchi)
con annesso ospedale e al
Palazzo del Bargello
furono costruiti i grandiosi edifici pubblici e privati che ancora oggi testimoniano la sua grandezza e la sua importanza. Infatti nel 1321 venne decisa la costruzione del complesso monumentale rappresentato dal
Palazzo del Popolo (dei Consoli),
del
Palazzo del Podestà
e della
Piazza Pensile
in un punto di separazione tra i quattro quartieri. Si realizzò così un centro direzionale che non era inserito in alcun quartiere specifico, bensì li toccava tutti.
Nel 1338, anno dell'inaugurazione del Palazzo dei Consoli, viene pubblicato il
nuovo Statuto del Comune con il quale si assicura a quasi tutti i cittadini i diritti politici. La città è governata da due magistrature cittadine (i Consoli e il Consiglio Generale) e da due magistrati provenienti da altre città (il Podestà e il Capitano del Popolo).
I Consoli sono i veri detentori del potere. Essi vengono scelti, in numero di due per quartiere, tra gli abitanti appartenenti alla classe popolare, devono avere un'età minima di 30 anni, e dimostrare fedeltà al partito guelfo. Essi si succedono, in coppia, ogni due mesi al governo della città.
I Consoli hanno un potere politico enorme, ma non possono spendere il denaro pubblico senza la delibera del Consiglio Generale.
Il Consiglio Generale esercita il potere legislativo, è formato dai consiglieri del popolo (50 per quartiere) e dai rappresentanti delle famiglie più ricche (40 per quartiere), dura in carica sei mesi.
Il Podestà viene da un'altra città, i suoi compiti sono giudiziari e amministrativi. Dura in carica sei mesi.
Il Capitano del Popolo, anch'egli forestiero, oltre a poteri giudiziari e amministrativi ha anche poteri politici. Egli, in quanto rappresentante del popolo, può convocare il Consiglio Generale.
La prima metà del 1300 fu anche il periodo del grande sviluppo delle
Confraternite
e delle
Corporazioni delle arti e dei mestieri.
Tali Corporazioni, ne esistevano diciassette, riunivano in associazione tutti coloro che svolgevano lo stesso mestiere ed arte, erano regolate da precisi statuti, svolgevano un grande ruolo di socializzazione tra gli iscritti, offrivano anche garanzie economiche in momenti difficili, quali malattie e disoccupazione. I Capitani delle arti partecipavano anche all'elezione dei magistrati della città.